中共十一届三中全会以后,他坚持解放思想、实事求是,创立和发展了建设有中国特色的社会主义理论。这一理论科学地阐明社会主义本质,第一次比较系统地回答了中国这样经济文化落后的国家如何建设社会主义,如何巩固和发展社会主义的一系列基本问题。他认为中国处于社会主义初级阶段,一切要从这个实际出发来制订规划。根据他的思想,中共十三大制定了党在社会主义初级阶段的以经济建设为中心,坚持四项基本原则,坚持改革开放的基本路线。他指出,社会主义根本任务是发展生产力。全党要一心一意地搞现代化建设。实现现代化,关键是科学技术现代化。科学技术是第一生产力。教育是一个民族最根本的事业。他设计了从20世纪80年代到下个世纪中叶分三步走基本实现现代化的发展战略目标。并且提出,一切以是否有利于发展社会主义社会的生产力、是否有利于增强社会主义国家的综合国力、是否有利于提高人民的生活水平为根本标准,不断开拓新局面。他大力支持和推动农村改革,推进以城市为中心的全面改革,指出“改革是中国第二次革命”。他关于社会主义也可以搞市场经济的论述,为中国共产党确定建立社会主义市场经济的体制的改革目标奠定了理论基础。他倡议兴办经济特区,开放14个沿海城市,开发开放上海浦东新区,推动中国全面对外开放格局的形成。他积极推进政治体制改革,强调发展社会主义民主,健全社会主义法制,在建设物质文明的同时,高度重视精神文明建设。他提倡干部队伍革命化、年轻化、知识化、专业化,主张废除干部领导职务终身制。他认为和平与发展是当代世界两大问题,军队和国防建设指导思想要实行战略性转变,提出要把军队建设成为强大
1992年南巡讲话的现代化正规化的革命军队。
他为解决香港、澳门、台湾问题,实现祖国和平统一,倾注了大量心血。他从实际出发创造性地提出“一个中国,两种制度”的构想,按照这个构想,香港和澳门已分别在1997年和1999年回归中国。他提出独立自主的和平外交政策,主张以和平共处五项原则作为建立国际政治经济新秩序的准则。在他的主持下,中国同美国建立了外交关系,同日本缔结了中日和平友好条约,恢复了中苏两党两国的关系,发展了同周边国家和第三世界国家的友好关系。他为打开中国外交新局面,争取有利的国际环境来进行现代化建设,维护世界和平,作出了不懈的努力。
1989年11月在中共十三届五中全会上,他辞去了最后担任的中央军委主席职务。在以他为核心的第二代中央领导集体向以江泽民为核心的第三代中央领导集体顺利过渡、保持党和国家稳定的过程中,他起了关键的作用。退休以后,他仍然关心党和国家的事业。1992年视察中国南方的武昌、深圳、珠海、上海等地,发表重要谈话,总结改革开放以来的基本经验,从理论上回答了一些重大问题。以这次谈话和中共十四大为标志,中国的改革开放和现代化建设进入了一个新阶段。1997年召开的中共第十五次全国代表大会,将建设有中国特色社会主义理论概括为邓小平理论,指出这一理论是当代中国的马克思主义,是马克思主义在中国发展的新阶段,并在党章中明确规定,中国共产党以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论作为自己的行动指南。1997年2月19日邓小平在北京逝世。主要著作收入《邓小平文选》(3卷)。