二战后，溥仪被定性为战犯。在苏联赤塔和伯力的收容所被监禁了五年。1946年8
溥仪的囚服月曾返回东京，在“远东国际军事法庭”上作证。1950年8月初被押解回国，在抚顺战犯管理所学习、改造，受到了约十年的“革命教育”与“思想改造”。
1959年12月4日接到中华人民共和国主席毛泽东的特赦令说：“该犯关押已经满十年。在关押期间，经过劳动改造和思想教育，已经有确实改恶从善的表现，符合特赦令第一条的规定，予以释放。”从此，溥仪成为中华人民共和国公民。
1960年3月，溥仪被分配到中科院北京植物园工作。1964年被调到全国政协文史资料研究委员会任资料专员，并担任全国政协第四届委员会委员。溥仪一生四次结婚，娶过五个女人，但由于身体原因始终未能留下后
代。最后一次婚姻是在1962年与李淑贤结婚。溥仪著有自传《我的前半生》，于1964年4月由群众出版社出版。其独特的富有戏剧性的经历，多次被改编成影视作品，其中电影《末代皇帝》（The Last Emperor），曾荣获1988年奥斯卡金像奖等众多奖项。
1967年，溥仪因患尿毒症病倒。周恩来总理闻讯，亲自打电话指示政协工作人员，一定要把溥仪的病治好。后指示将他安排到首都医院进行中西医会诊。在病情最危急时，周总理又指派著名老中医蒲辅周去给他看病，并转达周总理对他的问候。后因医治无效，于1967年10月17日凌晨2时30分与世长辞。
还有一种说法，溥仪因癌症逝世，溥仪的遗体依据中华人民共和国的有关法规火化，而不是他祖先的遗体所采取的土葬。火化后骨灰安放在北京八宝山革命公墓。
1980年5月29日，即溥仪去世13年后，中国政府为溥仪举行了追悼会。在1995年的1月26日，溥仪的遗孀获准将他的骨灰入葬位于清西陵内崇陵（光绪陵）附近的华龙皇家陵园。华龙皇家陵园位于河北省易县清西陵崇陵旁边，距离崇陵后围墙仅200米，华龙陵园是一个由个人经营的商业性的公墓。
溥仪生前就有入土为安的愿望，清西陵也是溥仪生前就确定了的葬身之所。溥仪葬入此陵园，是他的第五个妻子李淑贤的精心安排，也是由他的妻子李淑贤亲自主持办理的。
1997年6月9日李淑贤女士去世。