中国商贸流通体系建设存在诸多问题，其中有宏观层面的管理体制问题，也有微观层面的企业供应链建设问题。另外在流通管理体系之外，也存在信息技术、物流系统等外部支持问题。商务部在设立之初存在宏观经济监管较弱、面向全社会特别是中小企业的流通商务服务缺失、未设立统一管理各项商务服务业的机构等问题。中国的企业在国际中虽然占有很大的市场份额，但是它们大多数没有主导权和定价权。主要问题是中国企业的供应链建设问题。国内企业的供应链建设大多只注重生产和加工环节，但实际上，供应链的管理应当包括更多的部分，例如生产前的采购以及生产后的推销等。