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为纪念在侵华目军南京大屠杀中遇难的同胞，南京市人民政府决定在江东门遇难同胞“万人坑”遗址建造纪念馆。1984年，在建馆过程中，曾发掘出大量的遗骨，当时由于条件所限。未能就地按原貌陈列，只将部分遗骨移往室内安放．供人瞻仰。多年来，日本右翼人士不断地对这件事进行攻击诬蔑，说这批遗骨是中国方面制造的假象，并非当年遗存。1998～1999年，纪念馆又在该遗址上，陆续清理发掘出208具受难者遗骨。这些遗骨，经过考古学者、历史学家、法医和医学专家，从不同的角度进行了科学的勘察、技术鉴定和化学分析，确认这些遗骨是当年遭日军杀害者无疑。特别是从埋葬现场观察和考证，遗骨埋葬密集，交错重叠，男女老幼无序群葬；遗骨扭曲变形、头颅分离移位，并有刀枪刺伤痕迹，这些情况均证明其非正常死亡的性质。
日本侵略军在南京犯下的滔天罪行，本是国际上公认的事实，早在1948年11月4日远东国际军事法庭在东京进行判决时，即指出：“南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达20万人以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达15万5千具的事实就可以证明了。……这个数字还没有将被日军所烧弃了的尸体，投入到长江，或以其他方法处分的人们计算在内。”其强奸、抢劫、焚烧等罪行，亦铁证如山。可是，在战后，尤其是70年代以来，日本右翼政界的保守势力，不断地抛出翻案言论，或进行翻案活动。他们不仅否认南京大屠杀．说它是中国方面“虚构”的，而且进一步全面否定日本军国主义者发动的侵略战争。前几年，日本“历史研究委员会”根据该机构组织的讲演和问答记录汇编成的《大东亚战争的总结》一书，系统地反映了日本右翼妄图篡改历史、美化侵略战争的各种错误观点。最近，因历史教科书问题，而掀起的政治浓烟，更进一步说明日本社会在90年代后期以来，政治倾向右转的严重性。这一切都不能不引起曾经遭受过日本军国主义无数灾难的亚洲各国人民的严重关切。
中国人民一向是酷爱和平的，因而不会揪住历史问题不放，但是正确对待历史是中日两国发展友好关系的政治基础。而承认或不承认日本侵华战争给中国人民造成的深重灾难，是一个重大的原则问题。今天。中日关系面临严峻考验，我们并不幻想或期望日本右翼和保守势力改变历史观或承认错误，但是，我们应该向不明历史真相或受到右翼误导的日本人民，或怀有正义感的日本广大群众，特别是年青一代，揭露日本军国主义侵略暴行，以使他们勇于面对历史真实，以史为鉴，坚持走和平发展道路．并取得亚洲各国人民的信任。这也是侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆发掘并陈列展示受难者遗骨的初衷。