内容简介
小智一心想成为世界一流的神奇宝贝高手。他非常喜欢神奇宝贝，而且精力充沛。现在受大木博士之托，小智他们一行来到了柑橘群岛。
岱柑岛上的内木博士把一个未知的[GS神奇宝贝球]交给了小智，请他转交给大木博士。按理应当立刻返回，可是为了参加柑橘群岛神奇宝贝联赛，小智决定改变行程，在征得了大木博士的同意之后，他们又继续。踏上了旅程。
小智的老搭档皮卡丘、随行小管家小霞，还有神奇宝贝观察员健次一起骑在乘龙的背上继续着环绕南方岛屿的旅行。一路上，小智他们总是会有新的发现，还不断出现各种意想不到的奇遇！
小智他们参加了化石盔的化石考古调查队。还参加了外岛巡诊，帮助乔伊到那些没有设立神奇宝贝中心的小岛上为伤病的神奇宝贝看病。
在资格赛中，小智已经在纳柑岛赢得了他的第一枚樱花徽章，但接下来要面对的又是一场怎样的挑战呢？