管理虚弱。巨人集团迅速发展的过程中，没有相应建立起完善的企业制度和科学的管理体系。随着资产规模的急剧膨胀，巨人集团管理上的隐患也日益暴露，整个集团的管 理浮躁而混乱。实际上，在产业多元化初期，史玉柱就意识到了公司的管理隐患，却不能发现问题之症结所在，并从根本上找到解决问题的办法，企业向危险的境地 继续滑坡下去。巨人集团在规模迅速膨胀的同时，内部管理虚弱。原本就薄弱的管理基础，再加上领导体制、决策机制、企业组织、财务控制、员工管理等诸多方面都不能适应集团发展的需要，企业陷入困境只是早晚的事。
缺乏资本运作的经验，不能有效地利用财务杠杆。房地产业必须有坚实的金融资本作后盾。巨人大厦从1994年2月动工到1996年7月，未申请过一 分钱的银行贷款，全凭自有资金和卖楼的钱支持。到1996年下半年，资金紧张时，由于缺乏与银行的信贷联系，加上正赶上国家宏观调控政策的影响，巨人陷入 了全面的金融危机。史玉柱作出了抽调生物工程的流动资金，去支撑巨人大厦建设资金的决定，把生产和广告促销的资金全部投入到大厦，结果生物工程一度停产。 从资金运作角度，史玉柱犯了大忌。
缺乏科学决策体系和权力约束机制。1994年初，巨人集团发生管理危机，史玉柱曾宣布从管理第一线上退下来，请北大方正集团总裁楼滨龙出任巨人集 团总裁，公司实行总裁负责制。但实际上企业决策体系并没有从根本上改变。巨人显露危机后，种种矛盾全部聚积于史玉柱一身。巨人集团也有董事会，但形同虚 设。史玉柱手下的几位副总都没有股份，在集团讨论重大决策时，他们很少坚持自己的意见，他们也无权干预史玉柱的错误决策。因此，在巨人集团的高层没有一种 权力制约，巨人集团实行的是“一个人说了算的机制”。