史玉柱的影子在公司正在不断淡化，尽管他才是真正的明星。1994年年初，巨人大厦动工，计划3年完工。史玉柱当选中国十大改革风云人物。
1995年，巨人推出12种保健品，投放广告1个亿。史玉柱被《福布斯》列为内地富豪第8位。
1996年，巨人大厦资金告急，史玉柱决定将保健品方面的全部资金调往巨人大厦，保健品业务因资金“抽血”过量，再加上管理不善，迅速盛极而衰。
1997年年初，巨人大厦未按期完工，国内购楼花者天天上门要求退款。媒体地毯式报道巨人财务危机。不久只建至地面三层的巨人大厦停工。巨人集团名存实亡，但一直未申请破产。
1999年注册建立生产保健类产品的生物医药企业——“上海健特生物科技有限公司”。
2000年12月21日注册成立“珠海市士安有限公司”。在珠海收购巨人大厦楼花。
2000年，史玉柱自称和原班底人马在上海及江浙创业，做的是“脑白金”业务。表示：“老百姓的钱，我一定要还。”并定下了2000年年底还钱的时间表。
2001年，史玉柱在上海申请注册一个巨人公司，谋求上市。大屏幕上的史玉柱尽管眼睛看着摄像机，但是手却在不断抚摸着自己的紫砂壶，时而旋转它，时而用手指轻击，或者用手掌轻拍，他不会意识到所有这些细节都会被捕捉下来。而马云的录像则显得异常干净。这个瘦小的男人安静地斜坐在座椅上，没有任何附加动作，非常连贯地表达着自己对史玉柱个人的欣赏，以及对合作的期待。