现在的大运河分8段︰北京到通县称通惠河；通县到天津称北运河；天津到临清称南运河，或卫运河；临清到黄河北岸称山东北运河；黄河南岸到韩庄称山东南运河；韩庄到清江称中运河；清江到六圩称里运河；镇江到杭州称江南运河。由於所经地区地势有高低，且无独立的水文体系，河水流向、来源、排蓄等各段不一致。又由於需穿过河床较高的黄河，黄河在汛期最大含沙量可达30％左右，给大运河河道带来了淤塞的危险。
大运河充当中国漕运的重要通道历时1,200多年。清代中叶後，山东北运河淤塞。道光五年(1825)江南粮米便改由海运至天津，再转北京。1911年津浦铁路通车，大运河就逐渐湮废。到1949年前山东境内河段和中运河已不能通航。里运河水位不稳，时常决堤成灾。1949年後对里运河进行了全面整治，兴建船闸和节制闸，并开辟新河道使河湖分开。在里运河的南段开辟瓦铺至六圩港间的入江新航道，缩短了与江南运河间的航程。中运河也经过拓浚和改建。为便利徐州煤炭南运，沿微山湖西侧辟了新航道。江南运河原由镇江市区入江，由於河道狭窄淤浅，已改由谏壁口入江，在谏壁建有大型船闸控制水位。