生态农业是当前中国农业发展的阶段性诉求，代表着现代农业发展的方向。然而，“教授卖大米”事件的出现说明农业经营方式从石油农业型向生态农业型的转变不可能是一帆风顺的，它必然要面临诸多的困境。但是，该事件不断向前推行的动态发展也给生态农业的发展带来了诸多的启示，从中也可能会找到化解制约生态农业发展的因素的办法。
建国以来，鉴于中国落后的经济与社会形势，国家长期以来执行的都是通过从农村提取农业剩余的制度设计来确保城市工业发展的战略方针，在不得不剥夺农民的基础上完成了国家的初步工业化。新农村建设战略的提出表明了一个新的历史时代的到来，“工业反哺农业、城市反哺乡村”不再是梦想，而是要开始走向实践实施层面。但是，由于长期以来的制度设计都是为从农业中提取剩余支援工业发展为目标的，要彻底转变这种提取型的制度设计为反哺型的制度设计必然需要国家介入的力度和方式都进行必要的创新。在论述当前中国农民合作经济组织发展时，我们曾经提出必须推行“农民合作经济组织+农民合作金融+农业保险+流通体制改革”四位一体的制度与体制创新，这一政策性建议对于生态农业的健康发展同样适用，但仅仅有这些还不够，还必须加大中央与地方财政的转移支付力度，由国家财政来承担土地经营从石油农业式向生态农业式转变中所存在的隐性成本和机会成本，保护农民发展生态农业的积极性。