泛珠三角区域金融不仅总量大，而且金融制度差异大，发展不平衡。区域内既有我国东、中、西部三个不同区域的金融特征，又有“一国两制”下的三个货币区域、三种金融制度的特点。目前，区域金融合作开始突破行政区划壁垒，金融资本已经开始按照安全性、流动性和效益性原则流动，在区域资源配置中发挥导向作用。
一是粤港澳之间的资金流动。根据国际收支申报数据显示，2005年广东向境外筹措的信贷和融资有59.6%来自港澳，广东金融机构向境外发放的信贷和贸易融资65.1%是向港澳提供的；香港是内地在海外融资的主要市场和内地银团贷款的主要渠道,迄今内地90%的银团贷款是通过香港安排的。二是广东与泛珠内地省（区）之间的资金流动。目前广东金融机构已经与8个兄弟省份的企业建立了信贷关系，各省（区）金融机构也积极进入广东信贷市场开拓异地融资业务。