中华人民共和国成立之前，历代统治阶级不承认东乡民族，历史记载凤毛鳞角，大都具有片面性，称为“回回”、“东乡回”、“东乡土人”、“蒙古回”等。民国时将东乡分属于周边宁定、和政、临夏、永靖4 县。新中国成立以后，成立了东乡族自治县，东乡族历史翻开了新的一页。
中业撒尔塔人迁居东乡与成吉思汗西征有关。公元13 世纪20 年代末，成吉思汗“征撒尔塔兀勒儿七年”，撒尔塔军匠、商人、工匠、传教士等被“签发”东迁，主要迁往河州东乡一带屯戍、做工。元初，在许多地方随路建立“诸色人匠”，有铁、银、毛、毡、皮、染等，至元二十五年（公元1288 年），在当时属宁河所辖的东乡部分地区集中了不少铁匠、皮匠、编织匠、银匠、碗匠等工匠，直接归宁河工匠达鲁花赤管理。统辖于安西王阿难答及其皇室，把手工业者编人“匠籍”，匠籍世袭，父亡子替，有籍经营视为合法，无籍务工就地取缔。这些工匠居住集中连片，其地名免古池、伊哈池、阿娄池、坎迟池、阿拉松池、托木池等遗址传及至今。巴素池是镇守官居住的地方。东乡地区大量的奇僻地名与中亚撒尔塔地方地名与部落名相对应。如东乡的甘土光、纳伦光、洒勒、库麦土、胡拉松、乃蛮、锁合土分别与中亚不花刺、撒马尔罕等地区的干土城、纳伦城、撒里普勒、土库曼、呼罗珊、乃蛮、锁合水等地名相同或相似。《 河州志 》 也有记载：“考奇名于地名，与大夏西西通”。至今有一些家族流传着祖上来自阿拉伯、波斯、中亚一带的说法，现在东乡族姓马、买、牙、丁、胡、卡、妥、包、驼、旦、坡、巴、白、朱、仓、龙、固、康、肖、瓦、吃、色等奇异族姓的人，自称从西域而来的撒尔塔人。元代，有哈木则为首的 40 个传教者和阿里阿塔率领的8个赛义德，曾来河州东乡传教。其中有14人定居东乡，葬于东乡，其葬地拱北一一可知，其后裔分布在东乡高山、达板、坪庄、龙泉、那勒寺、汪集、沿岭等地。近来遗传工程学家对血型研究，东乡族血型频数顺序为 B > A > 0 ，与中亚一带民族相吻合，而有别于蒙古和居住甘、宁、青一带的其他民族。从人种学研究，东乡族大部分人的外貌特征与中亚人相似，大胡须、高鼻梁、蓝眼睛、深眼窝。东乡人也带来了中亚人的文化继承，如善工艺、重商贾、宗教信仰、风俗习惯的相同相似的特点。东乡人由于各种原因，往往有大规模迁徙，迁徙地带主要在新疆伊犁等曾称为西域的中国西北部边缘，有整村迁徙，有家族迁徙，在伊犁有不少族成村落、村成村落的地区。其原因除贫困驱使之外也有一种怀故心理。
在东乡族形成中还融合了一些伊斯兰化的蒙古人，元代皇胄安西王阿难答部十多万人阪依伊斯兰教，阿难答本人也管理“诸色人匠”、“杂造局”等。阿难答在皇室政治斗争中失败后，其子带领阿难答部下并联合伊斯兰群众为其报仇，也被镇压，阿难答部分群众逃匿东乡一带，留居下业。锁南镇的王家、张王家、汪集高家、大树的黄家、五家的李家及唐汪乡的一些东乡人，说祖先为汉族。县内百和乡一带一些少量东乡族，自说原为藏族，是“随义散撒尔塔”成为东乡族成员。