服务业尤其是生产性服务业的发展水平与一、二产业发展升级需求不匹配
我国服务业的发展虽然处于稳步上升态势，但整体上还与其他新兴工业国家存在一定差距，与一、二产业发展升级需求不匹配。同时，从服务业内部增加值构成来看，农林牧渔服务业、邮电通讯业、房地产业、社会服务业、卫生体育和社会福利业、教育、文化艺术及广播、电影电视业、科研和综合技术服务业等呈逐年上升趋势；地质勘查和水利服务业、交通运输和仓储、批发和零售贸易餐饮业、金融保险业等呈下降趋势，生产性服务业发展尤为滞后。
2． 我国产业发展结构与对外贸易结构不匹配
从我国产业结构和贸易结构比较来看，依据2005年数据：一是2005年国内可贸易品中（即国内产业结构），初级产品约占13．7％，工业制成品约占42．4％，而出口的初级产品在全部出口产品中只占6．4％，工业制成品占了93．6％，我国出口产品结构严重倾向于工业制成品，且与国内产业结构不对称；二是在工业制成品内部，我国出口结构严重偏向于机械及运输设备和杂项制品两类，其中机械及运输设备占我国出口产品的比重达到46．2％，杂项制品达到25．5％，而这两类行业在我国国内可贸易品中所占的比重仅分别为16．9％和3．2％。由此可见，我国国内产业结构与对外贸易结构呈现“两张皮”现象，说明内外经济关联度不紧密。
3． 外资主导的高新技术产业发展态势与我国高新技术产业的发展战略和外贸战略难以匹配
高新技术产业是我国未来的主导产业，近些年在制造业和GDP中的比重呈现稳步上升趋势。但是，从推动高新技术产业发展的主导力量来看，外资企业占较大比重。这样，国有或内资企业不能在中国高新技术产业的微观发展主体中居主导地位，如何促使外资主导的高新技术产业发展走向与中国对该产业的战略规划相匹配必将成为无法回避的现实难点。同时，外资（尤其是外商独资企业）在高新技术产品的出口中也占主体地位。这样，在高新技术产品的对外贸易中，虽然外资日益以加工贸易方式增加对高新技术产业的投资，贸易规模不断扩大，但该产业中高增值环节转移到国内甚少，国内工序仍多为劳动密集型的低附加值、低技术环节，这也难以同我国转变外贸增长方式，提高出口产品质量，走向贸易强国的发展战略相匹配。
4． 内资企业和外资企业在产业发展中的政策待遇不匹配
长期以来，地方政府将吸引外资作为主要的政绩指标之一，由此对外资的超国民优惠政策此起彼伏，大大增加了内资企业的竞争成本，挤占了内资企业在相关产业的发展空间。以2005年分行业外资工业在我国工业总产值中的比重来看，外资工业的总产值占全国工业总产值的平均比重已逾30％，超过平均比重的行业有16个行业，尤其是在6个比重超过50％的行业中，除电气机械及器材制造业、电子及通信设备制造业属于资本技术密集型产业外，其他均属于资源和劳动密集型产业。而在上述行业中，外资比重如此之大除其自身优势之外，超国民待遇“居功甚伟”。