日本自卫队是由首相领导，而管理则由防卫省负责。防卫省下设陆上自卫队、海上自卫队、航空自卫队，以及一个类似美国参谋长联席会议的统合幕僚会议。其它机关则有自卫队医院、防卫大学、防卫研究所等。
日本自卫队现存总兵力大约为二十三万，由防卫省所统筹管辖。日本自卫队军费很多，居美国、英国、法国、中国之后为世界第五位。
进入21世纪以来，日本自卫队对于海外军事任务的参与更加积极。除了曾参与2002年阿富汗战争后的维和任务外，并自2004年1月19日开始驻扎于伊拉克的萨玛沃，协助美伊战争后的重建与安全维护。此一类似向海外派兵的行动，遭到国内外部分组织、人群的疑虑、批评和抗议；但也有人认为这是日本朝向“正常国家”发展，增加国际形势影响力的重要步骤；日本国内亦有要求因应周边局势（北朝鲜核武威胁、削弱中国），修改《和平宪法》第九条的呼声，以及将自卫队“升格”成“自卫军”。