1984年12月，针对当时出现的经济增长过热、货币投放过多的情况，以吴敬琏为课题组向中央领导报送了《当前货币流通形势和对策》的专题报告，提出必须对此制定总体对策，进行综合治理。这份报告对1985年宏观经济调控起了重要的推动作用。
1988年4月，针对在高通货膨胀情况下实行物价闯关的决策，他提出《控制需求，疏导货币，改革价格》的研究报告，指出：在需求膨胀和待实现购买力大量积累的情况下，对价格作较大的调整和放开部分商品的价格，“是一种成功的可能性很小的选择”，“有可能引发严重的通货膨胀”。
除理论活动外，吴敬琏在经济学和企业管理教育以及经济学信息和知识传播方面的卓著成绩也为各方面人士所称道。为了表彰他的贡献，他曾在1984年、1986年、1988年、1990年和1992年五次获得中国经济学孙冶方奖；他的学术著作获得了国家图书奖、全国图书奖等多种奖励；2001年香港浸会大学授予他名誉博士学位；2003年国际管理学会(International Academy of Management)授予他“杰出成就奖”。