企业并购后可以产生协同效应，可以合理配置资源，可以减少内部竞争等多方面有利于企业发展的优势，但也存在大量风险，尤其财务风险最为突出。
1.融资风险 企业并购通常需要大量资金，如果筹资不当，就会对企业的资本结构和财务杠杆产生不利影响，增加企业的财务风险。同时，只有及时足额的筹集到资金才能保证并购的顺利进行。按筹资的方式不同，可分两种情况：①债务性融资风险，多数企业通过负债筹资的方式一般为长期借款，但是银行信贷资金主要是补充企业流动资金和固定资金的不足，没有进行企业并购的信贷项目，因此，难以得到商业银行支持。另一种负债筹资的方式是发行企业债券，虽然资金成本较低，但筹资时间长，筹资额有限。②权益性融资风险，发行普通股是企业筹集大量资金的一种基本方式，而且没有固定利息负担，筹资风险小。但是，股利要从净利润中支付，资金成本高，而且无法享受纳税利益。
2.目标企业价值评估中的资产不实风险 由于并购双方的信息不对称，企业看好的被并购方的资产，在并购完成后有可能存在严重高估，甚至一文不值，从而给企业造成很大的经济损失。并购过程中人的主观性对并购影响很大，并购并不能按市场价值规律来实施。并购本身是一种商品的交换关系，所以需要建立服务于并购的中介组织，降低并购双方的信息成本且对并购行为提供指导和监督。
3.反收购风险 如果企业并购演化成敌意收购，被并购方就会不惜代价设置障碍，从而增加公司收购成本，甚至有可能会导致收购失败。
4.营运风险和安置被收购企业员工风险 企业在完成并购后，可能并不会产生协同效应，并购双方资源难以实现共享互补，甚至会出现规模不经济，整个公司反而可能会被拖累。而且并购方往往会被要求安置被收购企业员工或者支付相关成本，如果公司处理不当，往往会因此而背上沉重的包袱，增加其管理成本和经营成本。