“科学巨匠牛顿是基督徒，而且是虔诚的基督徒。”是教会广泛运用的另一个重要证据。我打小就读牛顿的信仰见证，最著名的是牛顿在晚年写了长达100万字的神学著作，证明天主的存在。在著名的《如果没有神》和《那一位是真神呢？》两本书里面，吴主光先生也援引科学家牛顿来支持基督教信仰，在前书中作者说“牛顿是一个虔诚的基督徒。” 同样， 我广泛地阅读了大量关于牛顿的传记以及牛顿那本著名的著作。很不幸地是，用我们这个论坛基督徒的要求标准，他不是真正的信徒。虽然牛顿自称“基督徒”，但是他唯一符合信徒标准的，就是他相信神创造了世界，除此以外，他明确表示不相信三位一体和很多基本基督教教义比如救恩，也不相信祷告。而且讽刺的是，他是神圣的剑桥大学三一学院的院士。既然基们认为我这样信了又不信的人是有问题的是虚伪的，不知道他们怎样评价牛顿这样在神圣的三一学院却不相信三位一体的人。
著名科学哲学家李察．威斯科（Richard Westfall）称牛顿为“原型自然神论者”（proto-deist），所谓“自然神论”，是相信神创造这世界之后，就让自然规律去统治这个世界，自己再不插手，世界在自然规律的支配下运转。牛顿正是抱着这种宇宙观，所以牛顿对事情的解释是自然规律加概率，当然没祷告什么事。在他那部著名的著作里面，牛顿明确地说：他认为天体之所以会运动，是因为天主创造了万物以后，也设定了各种自然规律，比如运动定律等等。天主先把它们一推，然后天体就按“动者恒动”的定律一直运动下去，事物都就按照自然规律和概率顺其自然的发生。天主不再作任何事情。牛顿的宇宙观，属于宗教的另外一个分支，也叫做“机械宇宙观”、或者“钟表宇宙观”。这种见解当然与基督教的基本教义相去甚远，难怪循道会创始人约翰卫斯理（John Welsey）对牛顿的信仰表示怀疑。