沙漠里偶尔也会下雨，下起来常常是暴风雨。撒哈拉沙漠曾经有过在3个小时内降水44毫米的记录。这种时候，平常干的河道会很快充满水，容易发洪水。虽然沙漠内部少下雨，沙漠常从附近高山流出的河流进水。这些河流一般带着很多土，在沙漠里流了一两天的距离就干了。世界上只有几条大河流通沙漠，如埃及的尼罗河，中国的黄河，和美国的科罗拉多河。如果水足够，沙漠里会形成季节湖，一般较浅较咸。因为湖底很平，风会把湖吹到好几十平方公里。小湖干了之后会留下一个盐滩。多数沙漠植物是抗旱或抗盐的植物。有些在根，茎，叶里存水；有些具有庞大的根茎系统，可以达到地下水层，拦住土壤，防止水土流失；有些有较大的茎叶，可以减低风速，保存沙土。沙漠上的植物分布比较稀薄，但是有很多品种。美国西南部的沙漠里的柱仙人掌可以活200年，长到15米，10吨，成为沙漠里的树木。柱仙人掌成长很慢，9年之后才有15厘米，75年才分第一个枝。因为身躯庞大，看起来好像沙漠里有很多仙人掌。其实豌豆类和向日葵类植物也可以在干燥酷热地域生存。梭梭也是沙漠中独特的灌木植物，平均高达2-3m，有的高达5m，被称为“沙漠植被之王”寿命也可达百年以上。