创新决策是一个广义的决策，是一个在决策理论意义上的完整的决策过程。整个创新决策的形成过程包括几个阶段：
发现创新萌芽
一切决策都是从问题开始，而创新决策的开始就是发现创新萌芽。所谓创新萌芽，就是提出现在企业的经营或管理的应有状况与实际状况的差距或者找到企业可以发展的新的机会。决策者要在全面调查研究的基础上发现创新的萌芽，并予以确认。抓住创新的特征，对创新萌芽的准确把握，有助于提高决策的工作效率，并确保决策方案的质量。
确定创新目标
目标是决策所要达到的预期效果。决策目标要根据所要解决的问题的性质来确定，如果企业对谁会提出企业经营管理创新决策创意，提出何种创意，什么时候提出以及如何提出等问题抱有任何先人为主的成见，就必然会对发挥创造力的诸多潜在来源视而不见，因而可能使决策者对确定创新目标造成阻力。因此，在确定目标之前必须坚持开发企业创造力的"无成见原则"。
拟定创新方案
即根据目标提出两个或两个以的可行方案供比较和选择。对于重大创新决策来说，应该防止在提出方案时存在因各企业利益关系差异而产生的"误导"现象，即只提对某个或某些方面有利而对整体不一定有利的方案。因此，决策过程要尽量将各种可能实现的预期目标的方案都设计出来，避免遗留那些可能成为最好决策的方案。为了提高决策的效率，备选方案的提出要求：
一方面既要确保足够的数量，更要注意方案的质量，在拟定创新方案时，还必须考虑到创新决策的特殊性，注意不将可能导致影响整个企业战略的创新看作是一般的创新而只拟定一般的方案；
另一方面是要利用企业的优势，决策系统要了解并协调许多相对熟知的变量之间的相互关系，同时要提出跨功能部门或者能全面完成任务的团队式决策方案。
选择方案
即对拟定的多个备选方案进行分析评价，从中选出一个最满意的方案，要注意从发展战略的长期性考虑问题，选择的方案对于孤立意义上不一定是最优的方案，只要能实现和符合预期的目标，同时费用低、对企业的负面效果小、风险低的方案就可以认为是合乎条件的方案。由于创新是一个充满风险的过程，所以选择方案时所考虑的各种因素中，风险因素是最重要的。
执行和反馈
方案的执行是决策过程中至关重要的一步，在方案选择确定以后，就可以制定实施创新方案的具体措施和步骤。在执行中要注意做好以下工作：
一是要制定相应的具体措施，保证方案的正确执行；
二是由于企业的重大创新决策所涉及的企业和人员很多，所以要确保有关决策方案的各项内容为所执行的人充分接受和彻底了解；
三是涉及执行决策的不同层次的单位和个人要有良好的组织系统来协调，特别是技术创新或组织创新决策的执行更应如此。
由于创新是企业内部的新的尝试行为，因而其决策是不确定性决策，其执行路径和手段也并非一成不变，所以一定要保持反馈路线的畅顺，使反馈信息能及时传递到决策系统，以便于决策系统能及时对不适当的决策指令进行修正。