朱由检求治心切，很想有所作为。但因矛盾丛集、积弊深重，无法在短期内使政局根本好转。朱由检性刚愎自用，急躁多疑，又急于求成，因此在朝政中屡铸大错。在与后金战争的紧要关头，朱由检中了后金皇太极的反间计，冤杀袁崇焕，使辽东防卫几近崩溃。他又增加赋税，增调重兵全力防范雄居东北的后金政权和镇压李自成、张献忠领导的农民军。
因对外廷大臣不满，朱由检在清除魏忠贤为首的阉党后，又重用另一批宦官。给予宦官行使监军和提督京营大权。大批宦官被派往地方重镇，凌驾于地方督抚之上。甚至派宦官总理户、工二部，而将户、工部尚书搁置一旁，致使宦官权力日益膨胀，统治集团矛盾日益加剧。无奈中，他不断反省，四下罪己诏，减膳撤乐，但终无法挽救明王朝于危亡。