1949年，春假，应广州私立华侨大学之聘，由上海南下广州。秋季，随华侨大学迁香港，不久，由张其昀、谢幼伟、崔书琴创办之亚洲文商学院（夜校）成立，钱穆为院长。
1950年秋，创办新亚书院（今并于香港中文大学），收留战乱流离的学生。钱穆秉承了中国传统知识份子经世救国的抱负，他坦言：我创办新亚的动机，是因为当初从大陆出来，见到许多流亡青年，到处彷徨，走投无路，又不是人人都有机会到台湾来；而我觉得自己是从事教育工作的人，怎忍眼看他们失学。同时，也觉得自己只有这一条适当的路可以走。虽然没有一点把握，但始终认定这是一件应当做的事。
余英时曾是新亚书院早期的学生，他目睹了钱师当年创办新亚的艰辛与不易，更是对老师充满了敬重。在余英时的记忆中，永远留下了这样一幕：
有一年的暑假，香港奇热，他（钱穆）又犯了严重的胃溃疡，一个人孤零零地躺在一间空教室的地上养病。我去看他，心里真感到为他难受。我问他，有什么事要我帮你做吗？他说：我想读王阳明的文集。我便去商务印书馆给他买了一部来。我回来的时候，他仍然是一个人躺在教室的地上，似乎新亚书院全是空的。
钱穆这种精神的传播已不仅仅限于香港，更是远播至美国、欧洲等地，先后在美国耶鲁大学、哈佛大学讲课和讲演。在耶鲁大学讲课结束时被授予该校名誉博士学位。后又去哥伦比亚大学为“丁龙讲座”作演讲。在美国停留七个月后，他应邀去英国访问，参观了牛津、剑桥大学。从英国到法国、意大利，最后回到香港。因而，钱穆精神由钱穆的门下弟子更为发扬光大。