原本胡适相当赏识钱穆，称钱的《刘向歆父子年谱》乃“一大著作，见解与体例都好”，并对学生说：有关先秦诸子事，可向宾四先生请教，不必再问他。外界以为钱“喜治乾嘉学”，张君劢甚而劝钱穆“何必从胡适之作考据之学”。钱穆初到北平，胡适的弟子傅斯年对他优礼有加，邀至史语所，奉为上宾。胡适也将私藏“孤本”《求仁录》借给钱研览。
钱穆在治学方面与胡适颇多抵触。胡适继承传统的说法，认为老子略早于孔子；钱穆则创立新说，认为老子略早于韩非，后于孔子。一次，两人不期而遇。钱穆说：“胡先生，《老子》成书的年代晚，证据确凿，你不要再坚持你的错误了！”胡适说：“钱先生，你举出的证据还不能说服我；如果你能够说服我，我连自己的亲老子也可以不要！”
钱穆与胡适二人在老子生年、《说儒》等学术问题上观点迥异，时有争辩。具体学术分歧尚属表面，深层原因是钱对胡的“新文化”主张不以为然，他后来甚至认为，中国思想界“实病在一辈高级知识分子身上”，如“新文化运动，凡中国固有（文化）必遭排斥”，贻害深远。当年北大讲坛上最叫座者乃胡适和钱穆二人，钱穆称“大凡余在当时北大上课，几如登辩论场”。钱穆的《师友杂忆》中有这样一则记录，是说钱穆经钱钟书的父亲钱基博介绍到师范去教书，跟钱基博是同事，那时钱穆还很年轻，年龄大概在钱基博与钱钟书之间，大概钱穆小钱基博10多岁，而钱穆比起钟书来，可能也要长个10多岁。而钱穆与钱氏父子非出于同宗，所以就按年龄来称呼了。于是钱穆称钱基博为叔父，而钱基博则命儿子钟书也称钱穆为叔父。
钱伟长是钱穆长兄钱挚之长子，钱穆的亲侄，钱伟长的名字即出于钱穆之口，1984年，钱穆赴港与钱伟长曾有一叙。1927年，商务印书馆要出版钱穆的专著《国学概论》，钱穆请钱基博为之写序，钱基博把此事交给了儿子钱钟书，钱钟书即刻一气呵成，钱基博读后竟一字未易。这样，《国学概论》冠名钱基博的序言竟出于一个十七、八岁的青年钱钟书之手，不禁使人叫绝!
在胡适有生之年，钱穆未能当成中央研究院院士。日后李敖认为这是不公道的，他说：“钱穆的理学怪说固不足论，但他在古典方面的朴学成就，却更该先入选成院士。”
钱穆一生以教育为业，五代弟子，冠盖云集，余英时、严耕望等人皆出门下。
1990年6月1日，钱穆先生不满当时身为“立法委员”的陈水扁与台北市议员周伯伦指控他霸占政府建筑物，以九十六岁高龄之身毅然搬离素书楼，同年8月30日逝于台北市杭州南路新寓所。