虽然皖南事变是抗战时期国共冲突中，国民党难得的“大胜利”，但事实上并未完全
皖南事变纪念陵园消灭总兵力达90万人、35万支步枪、4万挺机关枪之新四军，但完全消灭了新四军军部和指挥机关，造成了比“黄桥事件”更大的影响。
中华民国官方文献与部分报道指称，总兵力达1.03万的新四军调防是1938年至1940年间国共双方部队多起武装冲突和的后续处理。文献亦指：蒋中正虽与周恩来多次会谈寻求解决之道，却在双方缺乏诚意情况下，让蒋中正于国民党部队多人伤亡的“黄桥事件”及新四军攻击40师情况后，下令将新四军“消灭”。另外，该处置与1939年9月，毛泽东声称的“人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人”的中共强硬立场有关。
除此，国民党军队之后宣称：新四军军长叶挺被俘，副军长项英于逃亡被部下所杀，并“歼灭”共军约7000余人。而面对舆论对此事变的质疑，蒋中正于接见苏俄大使潘友新时及对外公开会议两度强调：“新四军事件完全为整顿军纪，绝无其他问题，更无损于抗战力量。”
当时民营的《大公报》对此评价则截然相反：“这种自乱阵线袭击友军的行动，依军纪。本应予以制裁，而统帅部初未采取断然处置，只限令该军调防黄河以北，以避免冲突。这种处置，在中央可谓已宽大忍恕，若在一般军队，必不能邀此宽典。统帅部之所以如此，据我们猜想，当然是为了顾念团结之局，不愿以小不忍而乱大谋。新四军北移之命，曾经展延一个月，迄最近展延之期亦已逾过，在中央指定的路线上，曾有该军的辎重及政治工作人员渡江北移，而该军大队则不北而南，更于途中袭击四十师，因此乃有解散编遣的紧急处置。“以上所述，是此次新四军事件的综合经过。这事实，至为不幸；而就军纪军令以言，统帅部的处置是无可置移的
。我们只能就此事件一述纯国民的感想。”
“我们熟察现代国家的建国原则，并深思我们中国的苦痛经验，而确切认定建立国军的重要。国家的建军原则，必须是单一的。组织是一个，军令是一个，而意旨更必须是一个。一个军队不容有纷歧的组织，不容有多系的军令，更绝不容有两个意旨；否则，那军队就绝对不能作战，尤其不能对外作战。这原则是天经地义的，我们在以往不能作到，乃是我们国军的最大苦痛。我们自民元建国以来，国家常处在分裂的状态，政治对立，军队纷歧，内战不休。国家在那种状态之下，所谓民族自卫权根本就不能成立。建国以来，遭受了多少外侮，我们为什么不能发动自卫权？就因我们没有统一的国军，没有中心的武力。这状态，一直到黄埔建军，国家才有了中心武力的萌芽，更经蒋委员长领导国民革命军北上，国家才有了统一的雏形，而经十七年全国统一之役，国家的统帅权实质仍未建立，国家仍陷于内战深渊。那时中国共产党在江西自称苏维埃共和国，在福建更有一个所谓人民政府。国家有四分五裂之势，怎么还能抵抗九一八事变以来日本的侵略？我们遭逢那样严重的外患，而国家仍在演着四分五裂的内战，真是危险万分。国家之幸，是蒋委员长所领导的这一脉中心武力，经过艰辛的洗炼，到二十五年冬西安事变以后，共产党取消了建制，共军改编为国民革命军，军令统一了，最高统帅权确定了，国家的统一规模才算告成。我们必须切记，国家这点统一规模，是经过三十几年的内战，流了无量的血，付了无数的牺牲，才产生出来的。我们更须切记，假使我们国家没有这点统一规模，我们根本就没有发动这次民族自卫战争的资格。这样艰难得来的国家统帅权，我们全体国民必不让它分裂！拥护统一，反对分裂，是全体国民的良心，是我们抗战建国的必不可缺的条件！尤其在这大敌当前，强敌日削，胜利接近之时，我们全体国民必然吐弃一切蔽于党见而贻害国家的行为………”