光绪二十六年（1900，一说二十五年）农历五月二十六日，王道士所雇的人在清除第1 6窟甬道的积沙时，偶然发现了藏经洞（今编号为第17窟）。但敦煌当地的富绅无人认识洞内这批文物的价值，腐败的清政府也未能对其进行应有的保护。致使藏经洞中的大批敦煌遗书和文物先后被外国"探险队"捆载而去，分散于世界各地。劫余部分被清政府运至北京入藏京师图书馆。莫高窟的壁画和塑像也遭到劫夺与破坏。1914年至1915年，俄国奥登堡率考察队到敦煌和莫高窟，不仅收集到大批敦煌写本，还掠走了第263窟的多块壁画。1921年，在苏俄国内战争中失败的数百名白匪军逃窜到莫高窟，他们在壁画上任意涂抹、刻画，并在洞窟内烧炕做饭，致使大批壁画被火燎烟熏。1924年，美国华尔纳曾到莫高窟盗剥了大面积的壁画，并掠走彩塑。敦煌遗书和文物的散失对中国文化造成了难以估量的损失，但打客观上却推动了东西方学者从不同角度对它们进行整理和研究，并在二十世纪三十年代形成了一门新的学科--敦煌学。敦煌学的兴起引起了学术界对敦煌莫高窟的重视。自二十世纪三四十年代起，中国的历史学、考古学和美术工作者到敦煌进行考察的人逐渐增多。经过他们的研究和宣传，敦煌莫高窟在文化界的知名度逐渐提高。1944年，敦煌艺术研究所成立，担负起了保护洞窟临摹、研究敦煌壁画的职责。1951年，敦煌艺术研究所更名为敦煌义物研究所。1984年8月，在敦煌文物研究所的基础上，扩大建立了敦煌研究院。1986年12月，敦煌被国家列为历史文化名城。1987年8月，敦煌县改为县级市。同年12月，敦煌莫高窟被联合国教科文组织列入"世界文化遗产名录"。