依照世贸组织协定，总理事会是世贸组织的立法机构之一，行使立法权。
总理事会1996年《处理与非政府组织关系的指南》的主要内容包括：（1）遵循世贸组织协定第5.2条所确立的基本原则；（2）各成员方认识到非政府组织能起到增进公众对世贸组织相关活动的认知程度的作用，因而愿意提高世贸组织的透明度并发展同非政府组织的关系；（3）为了达到更具透明度的目的，必须保证非政府组织获得更多有关世贸组织活动的信息，特别是比过去更快地取消对获取有关这些活动的文件限制，秘书处将使相关资料（包括已经取消限制的文件）在互联网上公布；（4）世贸组织秘书处应积极地采用各种方式，发展同非政府组织的直接联系；（5）如果世贸组织各理事会或委员会的主席参加同非政府组织的讨论会或其他会议，他只应代表其本人，除非该理事会或委员会作出其他的特别决定；（6）各成员方重申世贸组织是一个对其成员方的有关权利和义务具有法定约束力的政府间组织。因此，各成员方认为，非政府组织不可能直接参与世贸组织的工作或其会议。由此可见，《指南》严格限制世贸组织向NGOs开放的范围以维护其作为政府间国际组织的性质，并没有赋予非政府组织任何实质性地参与世贸组织决策的权利。它是世贸组织成员方政府与非政府组织之间达成的妥协，也是对于世贸组织协定第5.2条的细化。