商鞅第一次变法在公元前356年，而不是公元前359年，杨宽《战国史》185页有这样一段说明：
“《史记秦本纪》说：秦孝公三年‘卫鞅说孝公变法修刑……孝公善之。甘龙、杜挚等弗然，相与争之，卒用鞅法，百姓苦之。居三年，百姓便之，乃拜为左庶长。’据此，秦孝公三年已‘用鞅法’，六年因‘百姓便之’，提升卫鞅为左庶长。但是《史记商君列传》说：孝公‘以卫鞅为左庶长，卒定变法之令’。据此则下令变法，应在秦孝公六年（公元前356年）卫鞅任左庶长之后。两说相较，当以后说为是。《战国策·秦策》一说：‘商君治秦，法令至行……孝公行之十八年，疾且不起，欲传商君，辞不受。’《韩非子和氏篇》又说：商君之法，‘孝公行之，主以尊安，国以富强，八年而薨，商君车裂于秦。’王先谦《集解》认为‘八’上脱‘十’字，是对的。从秦孝公六年（即公元前356年）卫鞅‘为左庶长，卒定变法之令’以后，到二十四年孝公去世，首尾19年，以整年来计，正是18年。”据此，商鞅第一次变法应在公元前356年。
公元前340年，卫鞅奉秦孝公命令攻打魏国，魏将公子昂原是卫鞅在魏国时的朋友，卫鞅就请公子昂和谈，公子昂及友情毫不怀疑，结果卫鞅在会谈后生擒魏将公子昂，趁机大破魏军，迫使魏国交还过去夺走的河西之地。魏惠王说：“寡人恨不用公叔痤之言也。”商鞅因此大功，受封于商（今陕西省商洛市丹凤县商镇）15个邑，号为商君。
公元前338年，秦孝公去世，太子驷即位，即秦惠王。公子虔等人告发商鞅“欲反”，秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带凭证，告以商君之法，留宿无凭证的客人是要治罪的。商鞅想到魏国去，但魏国因他曾生擒公子昂，拒绝他入境。他回到自己的封邑商，举兵抵抗，结果失败战亡，而后被下令车裂其尸。
商鞅第一次变法在秦孝公六年（公元前356年），这次变法的主要内容有：（1）颁布法津，制定连坐法商鞅把李悝制定的《法经》带到秦国，加以公布实行。并把"法" 改为"律"，增加了连坐法，从而把秦献公时实行的什伍制变成相互监督纠发的连坐制。商鞅的法律规定什伍间要"相牧司连坐"，即一家有罪而九家相揭发。若不揭发，则十家连坐。 受到连坐的罪十分重。商鞅制定的法律规定：不揭发检举的"腰斩"，检举揭发的同斩敌人首级一样受到赏赐，窝藏有罪的人与投降敌人同罪。降敌罪的惩罚是本人斩首，全家罚为刑徒作苦役。
（2）奖励军功，禁止私斗，颁行按军功受赏的二十等爵制为鼓励秦人作战勇猛，商鞅规定国家的爵位按将士在战场上斩获敌人首级的多少来计算。斩得敌人甲士首级一颗的，赏给爵一级。愿做官的，任以年俸50石的官职。官爵的提升与斩首级数相称。爵位从一级到二十级，愈高享受的待遇、特权愈优厚。如升到第十级"五大夫"时，赏赐给300户人家的税地。爵位在五大夫以上，除享有600户人家的租税供他食用外，还有权收养宾客。有爵位的人，犯了法，还可以减免，"爵自二级以上，有刑罪则贬，爵自一级以下，有刑罪则已。"④贬是指降低爵位，"已"是取消爵位。
官职和待遇的获得一律取决于军功，使过去的旧贵族，虽是国君的宗室族人，没有军功也不能获得爵位。"宗室非有军功论，不得为属籍"，即不能靠出身就获得爵位，享受特权。这就严重打击了旧贵族的势力。（3）重农抑末，发展农业生产商鞅把李悝"尽地力之教"的措施带到秦国，在社会生产中，特别重视农业生产领域。商鞅根据秦国地广人稀、荒地多的特点，把重点放在开垦荒地，扩大耕地面积来发展农业生产方面。他在变法中规定："僇力本业耕织致粟帛多者复其身；事末利及怠而贫者，举以为收孥"。"本业"就是男耕女织的农桑业。"末利"是指制造和经营奢侈品的奇技淫巧、刻镂纹绣的一类手工业和商业。商鞅并不一般地反对工商业，在《商君书》的《去强》和《弱民》篇中，都称"农、商、官"为"国之常官"。"常官"是指国家固有的正常职业分工。他所反对的是商业中的"虱官"，即贩卖华丽、好玩的物品，即被他称为"美"、"好"的这两种"虱官"，也就是"末利"。"末利"并不是指一般的商业和手工业。
商鞅为了发展农业生产，除制定"复其身"的奖励措施外，还规定：凡是一家有两个以上的成年男子，必须分家，各立户头，否则就要出加倍的赋税和劳役，以巩固和发展封建生产关系。把大家庭分割成小家庭，成为户头的成年男子就不能再在大家庭的掩护下，游手好闲。户主为了不被"举以为收孥"，就只有努力耕织。
商鞅发展秦国农业生产的另一个措施是招徕地少人多的"三晋"之民，来秦国垦荒，为此他制定"徕民"政策。他用法令规定：三晋（韩、赵、魏三国）民众来秦国定居，就有地有房，三代免除徭役，不用参加战争。垦荒的特别优待，10年不交纳赋税。"令故秦兵，新民给刍食"，让秦国人当兵打仗，新来的人种田解决粮食问题，从而使秦国的兵源和粮食问题都得到解决。
农业是古代社会中最重要的一个部门，是人们衣食之源，立国之本。
（4）建立郡县制，由国君直接派官吏治理。加强中央集权。
商鞅在变法中，制定奖励发展农业生产的法令和措施，使秦国的农业得到大发展，秦国也由此更加强盛起来。
商鞅初次在秦国变法，触犯了旧贵族的利益，引起他们的强烈反对，国都中"言初令之不便者以千数"。但是在秦孝公的有力支持下，新法得到推行。由于变法的成功，秦国在对外战争中不断取得胜利，秦孝公十年，商鞅由左庶长升为大良造，相当于中原国家中的相兼将军的官职。