184年，太平道首领张角及兄弟张梁和张宝率信徒发起民变，史称黄巾之乱，迅速发展到数百万追随者，引起全国性的战乱。汉灵帝派皇甫嵩、卢植及朱隽等率中央军压制，又令地方州郡政府和豪强地主招募军队协助。最后黄巾军的主力虽然很快被击溃，不过余部仍然散布各地。随着各地山贼土匪陆续出现，汉朝的中央军精疲力竭，188年汉灵帝采纳刘焉的建议，将负责监察各郡的刺史赋予兼有地方军政权力，以加强对各郡的控管，并且将部分刺史升为州牧，由刘姓宗室或重臣担任。这措施使得州正式成为一级行政区，虽有利于镇压各地叛乱，但当朝廷发生内乱后，掌握地方权力的州牧及刺史纷纷割据一方，不再受朝廷节制。例如益州牧刘焉为了割据巴蜀，借由五斗米道首领张鲁占领汉中，切断与关中朝廷的关系。东汉为解决黄巾之乱而制定的州牧制度，在朝廷不断衰弱下，反而开启群雄割据的局面。
188年汉灵帝驾崩，戚宦之争又起。宦官蹇硕等意图杀害外戚大将军何进，改立太子刘辩弟陈留王刘协。汉少帝刘辩顺利继立后，何进又与袁绍等士大夫企图去除以张让为首的十常侍及其他宦官。何进还令凉州董卓、并州丁原带兵增援。宦官们先发制人，在董卓军到达洛阳前杀死何进。而袁绍则以为何进报仇为名率军入宫，杀死十常侍等宦官二千人。虽然困扰东汉上百年的外戚与宦官之争就此终结，却也方便了率军入都城的董卓顺势夺取朝政大权。