首先，参加新型农村合作医疗登记程序繁琐。 其次农村合作医疗的报销程序也很繁琐。城镇居民的医保都是可以拿来抵押一部分医药费的，可以直接在卡上交医疗费的，事后再来结算。国外的医疗保险更是让医院、医生与保险公司而不是患者发生直接的利益关系。有的村庄离报帐中心和信用社很远，来回的车费都比较贵。繁琐的登记、理赔程序增加了农民许多不必要的麻烦，降低了农民的满意度。
新型农村合作医疗实践中的案例
新型农村合作医疗的就诊患者，是完全自费后拿着医院开具的发票去所在辖区政府机关申请报销的。拿北京的特殊病患者为例。各个区县报销比例不同。比如同样的癌症患者顺义地区病人的报销能达到55%延庆怀柔的比例更高，而门头沟的只能享受40%的报销比例。但是这40%并不是申请了特殊病都给报的。比如放疗收据中只有小部分是西药其他是摄影及其他费用，这样下来比如10万元的放疗费用在门头沟能报销的只有不到3万元而在延庆可以达到7万元。另外癌症患者常年要吃中草药，门头沟的合作医疗中草药里没有放化疗成分是一分都不报的。而医保卡病人吃中药也能报。