一，供方诱导需求突出。具体的讲就是在医患信息严重不对称的情况下，相当一部分定点医院对病人诊治时，并不是按照最有利的方案去开展，普遍存在开大药方，多开药，开贵药，过度消费医疗服务的现象。这不但增加了合作医疗服务的支出，也增加了农民的负担，使新型合作医疗没有真正发挥作用。
二，长期以来，农村卫生基础设施滞后，乡镇卫生院房屋破旧，一些贫困地方的卫生站甚至存在危房，医务人员短缺，且整体素质不高，长期得不到培训，技术骨干严重流失，很难满足农民日益增长的，多层次的医疗需求。甚至在农村出现到县，乡镇医院看错病，导致死亡的案例发生。另一方面，如果农民不去这些县，乡镇医院，而去省或者市一级的好医院，他们面临的又是天价的医疗费用，使得他们在一定程度上望而止步。所以从这点来看，也严重制约了新型合作医疗的有效运行。