收复疆域
初步形成了剿抚并用的方针，即“乱则声讨，治则抚绥”（《清圣祖实录》卷180，康熙36年2月壬寅），“仰凭天道，俯惬人情，以万不得已而用兵”（《御制亲征平定朔漠方略序》）。康熙认为：“帝王治天下自有本原，不专恃险阻”，“守国之道惟在修德安民，民心悦则邦本得，而边境自固，所谓众志成城者是也”（《清圣祖实录》卷151，康熙三十年五月丙午）。为了维护帝国的统一，康熙平定了三藩之乱；遏制了沙俄的扩张，签订了中俄尼布楚条约；攻占了台湾；康熙还亲征新疆准噶尔，击败噶尔丹，使蒙古土尔扈特臣服满清。1684年，清政府在台湾设一府（台湾府）三县（台湾、凤山、诸罗），隶福建省，并在台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千。
平定三藩
所谓“三藩”，是指镇守云南的平西王吴三桂，镇守福建的靖南王耿精忠和镇守广东的平南王尚可喜之子尚之信。自清初以来，他们各霸一方，形成几股割据势力。“三藩”都拥有大量武装。特别是吴三桂，“功最高，兵最强”，积极储将帅，习武备，使“四方精兵猛将，多归其部下”。他们仗着自己日益壮大的力量，飞扬跋扈，不听约束，给满清以很大威胁。而且所耗军费巨大。
1673年三月，以尚可喜请求归老辽东，但请求留其子之信继续镇守广东为引线，引发了是否撤藩的激烈争论。最后康熙帝认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，决定下令“撤藩”。
十一月，吴三桂在云南发动兵变，提出反清复明，并于次年派将率军进攻湖南，攻陷常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文，声讨反满。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方大员纷纷反清。接着，福建耿精忠亦反。在短短数月之内，滇、黔、湘、桂、闽、川六省收复，一时间满清帝国危在旦夕。随后，陕西提督王辅臣、广东尚之信等也相继起义，起义扩大到广东、江西和陕西、甘肃等省。
1676年（康熙十五年）十月，福建耿精忠在满清进攻下，被迫投降。广东的尚之信也于1677年投降。闽、粤以及江西都先后陷落。1678年八月，吴三桂死，其部将迎立其孙吴世璠继位，退居云贵。此后，满清先后收复湖南、广西和四川。1681年，满清攻破昆明，吴世璠自杀。
平定叛乱
清初，西北方居住的蒙古分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附满清，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与满清政府关系密切。
噶尔丹起兵被粉碎以后，喀尔喀蒙古各部又回到了原来的居住地。在满清政府的帮助下，噶尔丹暂时退兵。
玄烨设置将军和参赞大臣率兵驻守科布多和乌苏雅台等重镇，加强了对喀尔喀蒙古地区的管理和统治。
遏制俄国
明末清初，沙俄在亚欧大陆上不断向东扩张，并于17世纪中期侵入了东北亚北满地区。沙皇多次遣使来清，要求建立外交和通商关系，但因俄国侵占满清帝国领土等问题而遭到满清政府拒绝。此外，由于清初帝国内部尚未安定，所以直到17世纪80年代中期，康熙才对黑龙江地区的俄国据点雅克萨采取了有力的军事行动，捍卫了东北边疆一百五十多年的和平稳定。
管理西藏
在西藏问题上，康熙除了承继顺治帝尊敬并册封达赖政策外，还派兵于1718年至1720年（康熙五十七年至康熙五十九年）间入藏，击败了占据西藏北部的准噶尔残部。此后，满清分兵驻藏，并任命康济鼐和颇罗鼐二人协助达赖班禅分理前后藏事务。
统一台湾，开府设县
康熙二十二年，以施琅为福建水师提督，率军攻占了台湾。设台湾府，隶属于福建。台湾府下设三县——台湾县（今台南）、风山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义），派总兵官一员、率官兵八千，驻防台湾。从而加强了中央对台湾的管辖，促进了台湾经济文化的发展。