1937年抗日战争爆发，北京大学南迁，与清华大学、南开大学组建长沙临时大学与西南联合大学。北大与清华原有的国文系合并为联大国文系。1946年西南联大结束，北大国文系随北大复员北返。
1952年全国高校实行院系调整，清华大学国文系、燕京大学国文系和新闻系与北大国文系合并为北京大学中国语言文学系，分设中国语言文学与新闻编辑两个专业。1954年，中山大学语言学系并入，设立汉语专业。1964年又设立古典文献学专业。自始，形成文学、汉语、古文献三个专业鼎立的格局（新闻专业已于1958年合并到人民大学）。1953年组建北大文学研究所，中文系部分教师调任或兼任研究所工作，此为中国社会科学院文学研究所的前身。1983年，教育部所属全国高校古籍整理工作委员会秘书处设在北大，其机构挂靠中文系。1984年和1985年先后成立北大古典文献研究所与比较文学研究所，1998年两个所正式归入中文系建制。 2002年，北大中文系开设应用语言学专业，打破高考招生的文理界限，在国内最具传统的中文系首开从高中理科招生的先河。