钱穆是完全靠自修苦读而在学术界确立地位的一个学者。其治学颇受清儒章学诚“六经皆史”思想的影响。对中国历史尤其是对中国历代思想家及其思想源流的研究和考辨，均自成一家之言。提出，先秦时期，儒、墨二家是后来诸子各派的发端，由此分源别派，旁通四达，互相中国古代文化的源流。他在儒学方面的研究成果也非常突出，如认为司马迁的《史记·孔子世家》真伪混杂，次序颠倒，后世传说亦不可轻信，遂详细考辨孔子的生平事迹，包括、生卒年月、父母、志学、初仕、设教、适齐、适卫、过匡、过宋、仕鲁、至陈、至蔡、及晚年居鲁等，以及孔子的政治活动和著述等，具有很高的学术价值。又如对晚清今文经学家如谬平、康有为等认定刘歆伪造古文经一呈，钱穆撰《刘向歆父子年谱》，以令人信服的证据否定了今文经学家的观点，了结了晚清道咸以来的经学今古文争论的公案，在北方学术界一举成名。。此外，钱穆对宋明理学尤其是朱熹之学、对清代学术尤其是乾嘉学派等，都有很深的研究。