在历史研究中，重视中国历史发展的特殊性和悠久的传统，在通史、文化史、思想史、史学理论与方法等方面都有深入研究，闻名海内外。 钱穆重视探求中华民族文化的内在精华，并给予其以高度评价，他认为“我民族国家之前途，仍将于我先民文化所贻自身内部获其生机”。晚年的钱穆比较偏重于文化哲学的研究，并就中西文化的问题作了很多深入的思想考，在其一生的最后一篇文章《中国文化对人类未来可有的贡献》（载于刘梦溪主编的《中国文化》1991年第4期）中，他对中国传统哲学的“天人合一”思想有了新的体认，并“深信中国文化对世界人类未来求生存之即在此。”