清朝的满族皇帝通过联姻或征服的方式逐步将整个蒙古收入版图。清代将蒙古分为设官治理的内属蒙古和由札萨克世袭统治的外藩蒙古。外藩蒙古又分为内札萨克蒙古（漠南蒙古）和外札萨克蒙古（漠北蒙古、漠西蒙古）。其中前者成为今内蒙古自治区的主体部分。清代后期的官方文书中出现了内蒙古和外蒙古的概念。内蒙古一词指内札萨克49旗，外蒙古则指喀尔喀4部（有时也包括科布多和唐努乌梁海）。
清朝雍正十三年(1735年）至乾隆四年在呼和浩特市东部新建军事驻防城，命名为“绥远城”，后将“归化”、“绥远”两城合并为归化县。清朝时漠南蒙古没有统一的行政区划，内札萨克49旗分属于6个盟。