扶余历史悠久，地灵人杰。扶余县最早的文化当属肃慎文化和古扶余文化。肃慎是东北最古老的文化，和后世的挹娄、勿吉、靺鞨、渤海、女真一脉相承，都是满族的祖先。公元前22世纪，这里属于早期肃慎王国。西汉初期，古扶余人（濊貊的一支）在这里便建立了我国东北地区第一个地方农业制国家——扶余国（又作夫余国、凫臾国，都城长春），扶余国的农业畜牧业已经十分发达，开创了北疆历史文化的先河。历史不断前进，社会屡经变迁，但扶余作为开启东北文明的发祥地之一，始终令全国瞩目。这里隋属靺鞨，唐属渤海；辽时为加强边防和繁荣边贸，曾设立宁江州；金太祖反辽誓师和首战宁江州也源属此地，元隶开元路，明置撒叉河卫（ 也作三岔河卫）。清初设治以来，曾先后设置副都统衙门、长宁县、伯都讷厅、新城府。中华民国二年（1913年）改设新城县，次年为避免重名，以曾为扶余国属地改称扶余县。1945年11月，东北人民自治军嫩江纵队长白支队进驻扶余，次年2月，成立扶余县人民政府。1987年10月国务院批准撤销扶余县，建立扶余市。1992年7月，设立松原市 ( 地级 ) 撤销扶余市，改称扶余区。1995 年 7月恢复设立扶余县。有史以来，归属、分合屡有变化，幅员、疆域有增有减，以至演变成今日之县域。