黄鹤楼为何以“黄鹤”为名？一说是原楼建在黄鹄矶上，后人念“鹄”为“鹤”，以讹传讹，口口相证遂成事实。一说便是带有神异色彩的“仙人黄鹤”传说。其历史发展脉络大致如下：魏晋南北朝时期，盛行神仙之说，有关黄鹤楼的仙话也在专谈“怪力乱神”志怪小说发展的背景下形成。跨鹤之仙的传说，最早出现在南朝科学家祖冲之的笔下。他的《述异记》中的“驾鹤之宾”，后被鲁迅辑录在《古小说钩沉》里：
“荀瓌（guī），字叔伟，事母孝，好属文及道术，潜栖却粒。尝东游，憩江夏黄鹤楼上。望西南有物，飘然降自霄汉，俄顷已至，乃驾鹤之宾也。鹤止户侧，仙者就席，羽衣虹裳，宾主欢对。已而辞去，跨鹤腾空，渺然烟灭。”
稍后，南朝梁代萧子显在《南齐书·州郡下》里说：“夏口城据黄鹄矶，世传仙人子安乘黄鹤过此上也。”使仙人有了子安的名字。后有人穿凿说子安姓王，又有人辩解，仙人姓窦，并言窦子安是江夏人，性灵异，在他去世入葬后，一只黄鹤飞来停在他家门前的大树上，频频呼喊“窦子安”的姓名。窦子安真的出现了，他跨着鹤在屋顶盘旋几圈后向西飘然而去。
唐宋时期，人们渐渐把神话传说附会到历史人物身上。唐时，阎伯理在《黄鹤楼记》中转述《图经》的记载，宋代乐史的《太平寰宇记》，都说是三国时期的蜀汉大臣费祎登仙，驾黄鹤在此憩息，因以为名。阎伯理《黄鹤楼记》：
州城西南隅，有黄鹤楼者，《图经》云：“费祎登仙，尝驾黄鹤返憩于此，遂以名楼。”事列《神仙》之传，迹存《述异》之志。观其耸构巍峨，高标巃嵸，上倚河汉，下临江流；重檐翼馆，四闼霞敞；坐窥井邑，俯拍云烟：亦荆吴形胜之最也。何必濑乡九柱、东阳八咏，乃可赏观时物、会集灵仙者哉。
《太平寰宇记》：
“黄鹤楼在县西：二百八十步，昔费祎登仙，每乘黄鹤于此憩驾，故号为黄鹤楼。”
费祎字文伟，而《述异记》中荀瓌字叔伟，二者都是江夏人，这大概就是后人将他们混淆起来的原因吧。唐宋之后，人们把此事扯到了八仙之一的吕洞宾身上。据清初褚人获《坚瓠集》卷八之四载：
“相传唐时吕纯阳尝客兹地，倦寓酒家，日饮数壶，累至数百；不偿值，复索饮，主人供给无倦色。纯阳喜之。适啖西瓜，遂以瓜皮画一鹤于壁上。始，色瓜皮青，久之变黄，遂为黄鹤。纯阳又教酒家童子唱道词，自敲板为节。已而唱时，鹤辄从壁间飞下，婆娑翔舞。观玩饮酒者，日数千人。凡阅数月，酒家得钱数百万，骤富。以钱酬纯阳，纯阳不受。遂构此楼志感，故名黄鹤楼。”
另外，和上述故事大同小异的，是《江夏县志》所引《报应录》的说法。据它所说，市酒者为辛氏，饮酒者为道士，画鹤所用的是桔皮，所建楼为辛氏楼。这便是最为人们熟知的神话：
原文是：「辛氏昔沽酒为业，一先生来，魁伟褴褛，从容谓辛氏曰：许饮酒否？辛氏不敢辞，饮以巨杯。如此半岁，辛氏少无倦色，一日先生谓辛曰，多负酒债，无可酬汝，遂取小篮橘皮，画鹤于壁，乃为黄色，而坐者拍手吹之，黄鹤蹁跹而舞，合律应节，故众人费钱观之。十年许，而辛氏累巨万，后先生飘然至，辛氏谢曰，愿为先生供给如意，先生笑曰：吾岂为此，忽取笛吹数弄，须臾白云自空下，画鹤飞来，先生前遂跨鹤乘云而去，于此辛氏建楼，名曰黄鹤。
这则神话的大意是说，从前有位姓辛的人，卖酒为业。有一天，来了一位身材魁伟，但衣着褴褛的客人，神色从容地问辛氏：“可以给我一杯酒喝吗？”辛氏不因对方衣着褴褛而有所怠慢，急忙盛了一大杯酒奉上。如此过了半年，辛氏并不因为这位客人付不出酒钱而显露厌倦的神色，依然每天请这位客人喝酒。有一天客人告诉辛氏说：“我欠了你很多酒钱，没有办法还你。”于是从篮子里拿出橘子皮，画了一只鹤在墙上，因为橘皮是黄色的，所画鹤也呈黄色。座中人只要拍手歌唱，墙上的黄鹤便会随着歌声，合着节拍，蹁跹起舞，酒店里的客人看到这种奇妙的事都付钱观赏。如此过了十年多，辛氏累积了很多财富。有一天那位衣着褴褛的客人又飘然来到酒店，辛氏上前致谢说，我愿意供养您，满足您的一切需求。客人笑着回答说：我哪里是为了这个而来呢？接着便取出笛子吹了几首曲子，没多久，只见朵朵白云自空而下，画上的黄鹤随着白云飞到客人面前，客人便跨上鹤背，乘着白云飞上天去了，辛氏为了感谢及纪念这位客人，便用十年来赚下的银两在黄鹄矶上修建了一座楼阁。起初人们称之为“辛氏楼”。后来便称为“黄鹤楼”。
关于黄鹤楼还有另一个版本的神话故事。相传一位仙人化作人形在黄鹤楼中饮酒，不料仙人袋中银两不多，但店主并没有深究。仙人感谢店家的大度，就在墙上画了一只鹤。并告诉店主，为了报答店主留下只黄鹤，您只需拍手4下，黄鹤便可在空中起舞供大家娱乐，但你要切记，黄鹤只为大家而舞。说完，仙人离去。店家按仙人的留下方法一试，果然黄鹤起舞，大家纷纷欣赏。有一大官闻讯，包下整个地方，命令店家让黄鹤起舞。无奈，店家拍手4下，黄鹤从墙上浮现出来，步履沉重的飞舞。接着，金光一现，店家看见当年那位仙人回来，仙人说道：“黄鹤起舞，不能只为独乐。”说完，坐云离去，黄鹤也跟随离去。