公元1168年（南宋孝宗乾道四年），知府史正志创建江南贡院，起初为县府学考试场所。占地不大，应考人数亦不多。若遇考生增多时，则借用僧寺举行考试。（《南窗纪谈》载）
公元1368年，明太祖朱元璋定都南京后，集乡试、会试于南京的江南贡院举行。
公元1421年（明成祖永乐十九年），朱棣迁都于北京，但南京仍为留都。因江南地区人文荟萃，参考士子日益增多，原有考场便越来越显得狭小。永乐皇帝便没收臣犯臣纪纲的府邸，又取怀来卫指挥陈彬家人陈通，忠勇伯家人侯清等人的房舍以及府尹黄公永元祠、秦桧之子贝喜祠等改建“江南贡院”。
明、清两代，江南贡院不断扩建，江南贡院已形成一座拥有考试号舍二万零六百四十四间，另有主考、监临、监试、巡察以及同考、提调执事等官员的官房千余间，再加上膳食、仓库、杂役、禁卫等用房，更有水池、花园、桥梁、通道、岗楼的用地，规模之大，占地之广，房舍之多为全国考场之冠。
清代初期，南京为江南省首府，故贡院一直沿用“江南贡院”之名。
清光绪年间，科举制度废止，江南贡院停止开科取士。
公元1919年，贡院被拆除，除留下贡院内的明远楼、衡鉴堂和一部分号舍作为历史文物外，余下部分全部拆除，辟为市场。