到公元前第三个千年之末，印度河文明开始衰落。尽管只能推测衰落的原因，但有明显的证据表明耕种或灌溉的土地和城市所占地区的面积都逐渐缩小。洛塔尔港口约于公元前1900年前放弃，其他大居住中心维持的人口也比原先大为减少，且拥挤在衰败城市的某个小区域中。在某些遗址上也发现了暴力迹象：灰烬和未掩埋或无头的尸体，大概是遭匪帮袭击的
受害者，因为那些城市基本上无力抵御掠夺。任何文明存在很多世纪后，都可能出现衰退迹象，但印度河居民遇到的却是由他们的沙漠或半干燥环境引起的一些特殊的、短期内即可变成难以克服的问题。任何干旱地区经长期灌溉后，必然逐渐积累因水蒸发又无雨水有效冲刷而留下的盐碱。灌溉使地下水位提高，甚至可能上升到作物根部。当积累的盐碱达到对作物有害的水平，或作物根部被淹，农业就可能相当突然地宣告完结。就是今天我们也能在很多包括美国在内的干燥灌溉地区看到这两个问题造成的影响。
在印度河流域古代耕种过的地区中，有大片地块看来就是由于这些原因而被放弃的，因为古代耕地表面有白色沉积物。另外，一再发生的洪水和江河改道，不但直接威胁城市，而且所携带的淤泥破坏或堵塞给农田供水的灌溉渠道而间接危及农业基础。江河改道也可能使城市或灌溉区失去水源。所有这些都是发源于山区然后流经少树沙漠地带的不稳定河流的行为特点。没有气候变化的证据，尽管有人无视相反证据而断言如此，但有不少证据表明曾经造就了城市、滋养了艺术的剩余农产品减少了而终至消失，残余人口居住在一度辉煌的城市废墟中，靠他们从幸存的、生产能力远为低下的农田榨取的些许收获，再加上狩猎和采集，过着比较简单的生活。在这种衰退状况下，他们越来越无力保护自己免遭外来人的袭击。后来抵达这里的雅利安移居者，从未看到过印度河文明的鼎盛时期，因而不可能是它瓦解的原因。创造了印度河文明的人或他们的后代，随身带着他们的文化和技术，大概向东疏散到恒河流域或向南迁徙到了印度半岛。