《我国主体功能区划分与政策研究》分总论篇、专题篇和附录篇三部分，共计九章。总论篇包括第一章、专题篇包括第二至第六章、附录篇包括第七至第九章。第一章为总论，全面系统地提出我国主体功能区划分的基本原则、思路以及四类主体功能区的政策重点导向。第二章为国内外与功能区划分及其分类政策相关的理论与方法研究综述；第三章为目前我国与四类主体功能区相关的现有政策买施成效评述；第四章为优化开发和重点开发区域的分类政策设计；第五章为限制开发区域的分类政策设计；第六章为禁止开发区域的分类政策设计。第七、八、九章分别为课题组赴美国和加拿大、浙江、贵州调研的考察报告。