清代开凿中运河，彻底结束借黄河行运时代，并建成黄、淮、运交汇枢纽，缓和河面比降，减轻浊流灌运，改善了漕运条件。
漕运方法基本承明制，但又有下列名目（称漕粮本、折三大纲）：正兑米，运京仓粮，定额三百三十万石；改兑米，运通州仓粮，定额七十万石；改征，将漕粮改征为其他品种；折征，将漕粮折算成银，价银统归地丁项内，上报户部。此外又实行截漕（各地漕粮起运后，地方遇灾，截留部分作为赈济，或截一地漕粮运往另一地）和拨运（主要指截留山东、河南所运蓟州漕粮，拨充陵寝及驻防兵米）等措施。漕船数与编制稍异明代，一般以府、州为单位，十人一船，十船一帮，十船互保。总数由一万零四百五十五只升为一万四千五百只，而实际运于漕运的仅七千只左右。每船装运量不得超过五百石，另可装土产往返各口岸行销（后因运道淤塞而禁止）。清代最终实行官收官运，承运者是卫所军籍中较殷实的军丁（运丁）。发运时每船配运军一名，运副一名，雇募水手九至十名。各省运军水手多少不等，总数在十万名左右。漕运最高长官为漕运总督，驻淮安。其下为各省粮道，共七人，掌本省粮储，辖所属军卫，遴选领运随帮官员，责成各府会齐、佥选运军等；坐守水次，监督、验明漕粮兑换，面交押运官，并随船督行至淮安，呈总督盘验。押运，原为粮道之责，后选管粮通判一人，专门负责督押，约束运军，后因官卑职微，仍由粮道押运。领运官，由千总一人或二人领运，武举人一名随帮效力。为确保漕运无误，于淮安、济宁、天津、通州运河沿线设置巡漕御史，稽察本段漕运。此外，淮安淮北沿河置有镇道将领，以催促入境漕船前行；在镇江与瓜州的南漕枢纽处，由镇江道催促，同时由总兵官（后改为副将）巡视河岸，协同督促漕船过江。
河漕施行以来，经费拮据，弊窦丛生，复行海运的呼声日趋高涨。道光五年（1825）于上海设海运总局，天津设收兑局，并特调琦善等总办首次海运。次年正月将苏州、松江、常州、镇江与太仓四府一州漕粮共一百六十三万三千余石分二批载运北上。漕船从黄浦江出发，经吴淞口东向大海，行四千余里达天津收兑局验米交收。清廷特准商船载运免税货物二成往来贸易，调动了商船积极性。海运粮占全部漕粮总数之半，节银米各十万。道光以来河漕在十二三万石之间，海运粮则达一百二十万石左右。
晚清时期发生了一系列与漕运有关的事件，最终导致漕运的衰落：
1842年，英军在鸦片战争后期，不惜付出重大代价，攻占京杭大运河与长江交汇处的镇江，封锁漕运，使道光皇帝迅速作出求和的决定，不久签订了中英南京条约，成为整个战争中决定性的一战。
1853年后，太平天国占据南京和安徽沿江一带十多年，运河漕运被迫中断。战争极其惨烈，期间运河沿线的主要城市，包括扬州、清江浦、临清、苏州和杭州都遭受重创，部分甚至全部焚毁。
1855年黄河改道后，运河山东段逐渐淤废。从此漕运主要改经海路。
1872年，轮船招商局在上海成立，正式用轮船承运漕粮。
1901年，停止运河漕运。
1904年，撤废漕运总督。
1911年，津浦铁路全线通车。从此京杭大运河以及沿线城市的地位一落千丈。