1．专制皇权体制外的政治结盟。顾宪成、高攀龙等人对地方行政和朝政的干预，同善会的倡行，“济世”“救民”的活动，“志在世道”的宗旨，讲学与社会实践相统一的方式，表明东林党不是一个只议论儒学
不关切国事民瘼的单纯的学术流派。由于政治方面的影响和对社会问题的关注与参与，以顾宪成等人为核心的专制皇权体制外的政治集团很快形成，共同的思想认识和主张是东林党这一政治集团形成的根本原因。“国事、家事、天下事，事事关心”，“讽议朝政，裁量人物”，表现出东林党人政治主体意识的增强，从完全依附向独立自主转变，是形成独立政治人格的开始。参与型政治文化对传统依附型政治文化构成冲击，其结果将导致政治文化的变迁。
2．反传统的思想主张。反对君主独裁，是东林党人政治上的一个突出特征。顾宪成主张“散权”，实质是削弱君权；钱一本主张“公天下以选举”辅臣，无疑有了民主的要求。关于为政的标准，高攀龙认为：“君子为政，不过因民之好恶”，以“君子之所为，直要通得天下才行得”去判定是非；主张“有益于民”，即使有损于国，也须“权民为重，则宜从民”。刘宗周对崇祯帝说“流寇本朝廷赤子”，并大胆提出皇帝应与大臣分任其咎；又从“重民命”这一思想出发，主张废掉人主的“私刑”。东林党人坚决抵制释、道二教对国家政治及学术的消极影响，因此顾宪成等人僻佛主要是一个政治问题。利玛窦《中国札记》谈到众多东林党人在最初中西交流中起了举足轻重的作用，表现出最早的开放意识。
3．经济方面，东林领袖顾宪成不卑货殖，并认为经济人才不仅能有益于一方，而且能有益于国家的财政。高攀龙也十分关注商贸问题，认识到国家征收商税是对整个经济的破坏，指出征收商税是“夺民之财”，提出应取消白粮的钞关复税并保护铺行，体现了保护农民利益和扶植工商业发展的利民思想。从高攀龙的文集中，可以看到许多有关救荒的建议。他还认为天子不应有私财。李三才《请停矿税疏》犹如谴责万历皇帝的檄文。刘宗周提出自亲王以下各授田，宗藩“听工商自便，各从生理”，迫使宗室成员直接参与生产经营；还提出亲王常禄之外，不赐庄田。陈龙正提出招南人巨贾垦荒于畿辅、河南、山东，“累朝永不起科”，开荒者无人身依附性赋税义务，通过平买等方式向国家供粮，体现出更直接的商业目的。
4．通得天下。与欧洲文艺复兴时期的复古主义相类似，东林党人多以托古的方式提出各种有利于政治民主和经济发展的主张，抛开旧的形式，显示出一个不容于皇权的思想体系，带有近代民主、民权的色彩。东林党人思想主张的主要特点，是有了“吾辈合并为公”的相对独立的人格意识，因而他们不再事事以君主为最高权威，不再以是否对君主和国家有利为判定是非的标准，而是以“通得天下”为标准，体现出一种非君的人文主义精神。东林党人的进步思想和反抗专制的斗争实践，直接影响了明末清初思想界的启蒙运动，他们与黄宗羲等人的思想已十分接近，两者属同一体系，并有前后传承关系。