在以色列建国之后，埃及、伊拉克、约旦、叙利亚、以及黎巴嫩向以色列宣战，开始了1948年的以色列独立战争。北边的叙利亚、黎巴嫩和伊拉克军队都在接近边界的地方被阻挡下来，来自东方的约旦军队则攻下耶路撒冷的东部，并且对城市的西部展开攻击。不过，犹太人的民兵部队成功的阻挡了约旦军队，而地下的国民军组织部队（Irgun）也阻止了来自南方的埃及军队。从6月开始，联合国宣布了一个月的停火令，在这段期间里以色列国防军正式成立。在数个月的战斗后，双方在1949年达成一则停火协议并划清暂时的边界，这条边界线被称为“绿线”（Green Line）。以色列在约旦河的西方获得了额外的23.5%的管辖领域，约旦则占有以色列南部一块山地区域和撒马里亚，后来那里被称为西岸地区。埃及在沿海地区占有一小块的土地，后来被称为加沙地带。
大量的阿拉伯人口逃离了新成立的犹太人国家，巴勒斯坦人将此次流亡称为“大灾难”（النكبة），预计有400,000至900,000名巴勒斯坦难民流亡，联合国估计有711,000人。以色列与阿拉伯国家之间未解决的冲突、以及巴勒斯坦难民的问题一直持续至今。随着1948年的战争，西岸地区和加沙地带的犹太人口开始撤回以色列，大量来自阿拉伯国家的犹太人难民使得以色列的人口遽增了两倍。在接下来几年里将近850,000名瑟法底犹太人从阿拉伯国家逃离或遭驱逐，其中约有600,000人迁移至以色列，其他的人则移民至欧洲和美国。