利率市场化是一个国家金融市场化过程中的关键一步，这一过程充满荆棘和风险。由于利率市场化，银行系统将面临着更加严重的不确定性。为了争抢市场，银行将不断上调利率水平，这意味着银行将承担更多的风险。利率市场化也将使金融借款合同面临更大的不确定性，并影响宏观经济稳定。在法律制度相对薄弱的国家，利率自由化也会带来大量违约的出现。在信息不对称的情况下，利率市场化会带来两个结果，即过度投资或者投资不足。
利率市场化改革将给商业银行带来阶段性风险和恒久性风险。所谓利率市场化的阶段性风险是指利率放开管制的初期，商业银行不能适应市场化利率环境所产生的金融风险。在转轨阶段，利率市场化主要通过两种途径加重商业银行的风险：一种是由于长期的利率压制，市场化后的利率水平必然会升高，银行之间吸收存款的竞争加剧。但是利率上升得过快、过高，就会带来一些负面影响，如信贷活动中的“逆向选择效应”和“风险激励效应”使资产平均质量下降，信贷风险增大，原来由分散的存款人承担的风险主要落在了银行身上。另一种是在利率水平整体升高的同时，利率的波动性也迅速增大。但在长期管制环境中生存的商业银行往往不能适应这种变化，既不能把握利率的变动规律，又没有合适的金融工具来规避利率风险。经济史上利率市场化加速实现时几乎都伴随着或大或小的银行危机。典型代表是台湾银行业在利率放开管制后集体亏损了三年，其中最主要原因是台湾银行业发展过多过快，产生了过度竞争。
所谓利率市场化的恒久性风险即通常讲的利率风险。与阶段性风险不同，利率风险源自市场利率变动的不确定性，即由于商业银行的利率敏感性，导致利率变动时银行的净利差收入产生波动。由于中国商业银行的存贷款期限失衡相对较为严重，因此，随着利率逐步市场化，在商业银行所面临的四类基本风险（信用风险、市场风险、流动性风险和操作风险）中，利率风险将逐渐成为最主要的风险。