耕地保护的利益主体可以在两个层次上进行区分。第一个层次是耕地种植业用途上的中央政府、地方政府、村集体和农户四个利益主体。无论是中央政府还是地方政府，从粮食安全角度出发期望耕地能够发挥最优生产能力，保证充足供给，因此双方耕地保护利益目标是一致的。农业税费取消之后，村集体与耕地之间的经济联系被取消，没有经济动机保证中央和地方政府目标的落实。同时由于种植业比较收益下降，农民的种粮积极性不高，因此对耕地保护尤其是质量保护的经济动机不强烈;第二个层次是耕地变更用途上加入用地单位的利益主体划分。中央政府的利益诉求是在保证粮食安全约束条件下追求经济的最大增长以保证社会稳定，因此有动机保护耕地。但在以经济增长指标进行政绩考核的制度设计中，保证建设用地需求成为地方政府的最优选择，因此地方政府有减少耕地的内在动机。村集体为获得耕地征用补偿费也有动力减少耕地。用地单位是建设用地的需求者自然有动机减少耕地。农户在耕地变更用途中面临未来发展权被剥夺的局面，因此有动力保护耕地。