利率市场化改革将给商业银行带来阶段性风险和恒久性风险。所谓利率市场化的阶段性风险是指利率放开管制的初期，商业银行不能适应市场化利率环境所产生的金融风险。在转轨阶段，利率市场化主要通过两种途径加重商业银行的风险：一种是由于长期的利率压制，市场化后的利率水平必然会升高，银行之间吸收存款的竞争加剧。但是利率上升得过快、过高，就会带来一些负面影响，如信贷活动中的“逆向选择效应”和“风险激励效应”使资产平均质量下降，信贷风险增大，原来由分散的存款人承担的风险主要落在了银行身上。另一种是在利率水平整体升高的同时，利率的波动性也迅速增大。但在长期管制环境中生存的商业银行往往不能适应这种变化，既不能把握利率的变动规律，又没有合适的金融工具来规避利率风险。经济史上利率市场化加速实现时几乎都伴随着或大或小的银行危机。典型代表是台湾银行业在利率放开管制后集体亏损了三年，其中最主要原因是台湾银行业发展过多过快，产生了过度竞争。