自然垄断的出现似乎是市场有效的表现。实际上，它却带来了市场难以解决的诸多问题。首先，由于自然垄断具有庞大的网络系统、大量的沉没资本、显著的规模经济和范围经济、明显的关联经济效应、普遍性的服务等五大技术经济特征，市场失灵再所难免：在垄断结构下，市场只能容纳几家或一家最有效率的企业。自由竞争会使被淘汰的企业，因难以收回投资而造成极大浪费，或者市场无法实现优胜劣汰，任何企业都达不到经济规模，还可能导致产品和服务的差别供给。其次，在自然垄断产业里，消费者具有明显的信息劣势。在厂商有意隐瞒和欺诈时，有可能蒙受巨大的损失。另外，自然垄断产业提供的产品或服务大多具有排他性但非竞争性的特点，完全由市场调节资源配置，反而会导致生产资源不足。