1．信贷信誉低，融资困难：由于注册资金少，企业抗风险能力差，不容易取得银行信贷，同时面向个人的信贷也不容易。
2．无限责任：这是最大的劣势，一旦经营亏损，除了企业本身的财产要清偿债务外，个人财产也不能幸免，加大了投资风险。
3．可持续低；投资人对企业的任何事务具有绝对的决策权，其它人没有决策权，这加大了个人的责任，如果投资人有所闪失，企业本身就不可能存在。而且个人决策也有武断的一面，带有很强的随意性，对企业不利。
4．财务有限：企业的全部家当就是个人资产，财务有限，很难有大的发展。
5．缺乏企业管理：这是个人独资企业的一个大问题。