它的所有的权力都集中在总部，总公司与子公司、总公司职能部门与子公司职能部门之间也并不完全是指挥与被指挥、领导与被领导的关系，而是根据发展的需要和职能的种类，有些部门总部集权的程度极高，比如财务管理部门、资金管理部门、规划设计部门等；而其他职能部门，包括营销企划部门、工程管理部。同时，万科内部形成了万科“忠实于制度”、“忠实于流程”的价值观和企业文化，这些制度和规范得以自觉和充分落实。
万科在制度和流程管理上有不少创新，把很多具体事务性的工作上升到了制度和流程层面，这些标志着企业系统的健全和成熟。譬如，企业如何对待媒体采访，如何对待媒体的负面报道，就各有一款专门的制度来指引、来规范，制度内容中涉及了负面报道的定义、适用范围和接待负面报道的流程等条款，还有“要避免沟通内容成为采访内容”的字句。在国内很多企业还不太会接待媒体采访时，万科已经把应对媒体不同种类的问题都制度化了。万科制度之规范、条款之专业、逻辑之严密见于字里行间。
有了这套系统，使得万科在顺境时表现为企业肌体的健康、运转的正常和发展的稳健；而当市场大势低迷甚至险恶时，这套系统又能保障万科能将风险减小到最低限度，缩短渡过难关的时间。
不过，总裁郁亮认为，万科的核心能力表现在这套系统、制度和流程上，但制度不是万能的，因为制度的执行是有成本的。而以“七个尊重”为核心的人文精神和企业价值观的形成和认可，是万科这套系统正常运转、制度真正执行、指引充分使用的基石，这才是万科最珍贵的。
系统对社会责任的反应
从2000年开始，万科进入了一个新的发展期，年销售额以30%左右的速度增长。现在万科面临的是“顺境中求突破”。
2004年初，万科总经理郁亮在企业发展的顺境中提出了“3+1”的经营管理目标——万科的目标是成为最受投资者欢迎、最受客户欢迎、最受员工欢迎和最受社会尊敬的企业，万科的经营管理会围绕这个目标来运作。郁亮认为，这“三个最受欢迎、一个最受尊敬”是对万科愿景“成为中国房地产行业领跑者”的具体解释和最新阐述。把最受社会尊敬列为企业经营管理的目标之一，这在国内企业中是少见的，也是领先的。 2008年由世界权威的品牌价值研究机构——世界品牌价值实验室举办的2008世界品牌价值实验室年度大奖评选活动在京展开，在住宅品牌类的评选项目中，万科地产凭借优异的品牌印象和品牌活力，一举囊括“2008年度中国最具竞争力品牌”和“中国购买者满意度第一品牌”这两项荣誉称号。
很多企业对社会责任的承诺，更多地是停留在口头上，而万科不是这样。当拖欠民工工资成为政府部门重视、媒体关注的热点话题时，万科这套系统又开始运转了。这时，万科这套系统就不仅仅是人们心目中想象的只对“利润”、“经济效益”敏感的冷血的赚钱机器了，而更像是对社会、弱势群体充满良知和温暖的慈祥老人了。
早在2003年12月18日，万科集团工程管理部和财务部就向自己的一线公司发出通知，要求防止拖欠民工工资的事情在万科的项目上发生。2004年1月8日，万科集团工程管理部、财务部、审计法务部等四部门又制定出了防止拖欠民工工资的具体措施，从而实现未雨绸缪的目的。
增加相应的内容，对有这方面不良记录的承建商应取消其投标资格。而对那些已经签订、还未履行完毕的施工合同，应尽快要求施工单位出具承诺函，如果承建商发生拖欠、克扣工人工资行为的，万科有权从工程款中扣除相应款项，直接支付给工人，并有权解除承建合同。