在1961年，纳粹的战争犯、也是欧洲犹太人大屠杀主谋之一的阿道夫·艾希曼在阿根廷的布宜诺斯艾利斯遭到以色列的摩萨德（Mossad）情报局干员逮捕，并且被送回以色列接受审判。艾希曼成为以色列历史上唯一一个遭到法庭判决死刑的罪犯。
在政治舞台上，以色列和阿拉伯国家的关系在1967年5月再次紧绷。叙利亚、约旦、和埃及透露了开战的意图，埃及并且驱逐了在加沙地带的联合国维和部队。埃及违反了之前立定的条约、并且封锁了以色列战略要地的堤蓝海峡，接着又在以色列边界部署大量的战车和战机，以色列于是以埃及挑衅为由在6月5日对埃及展开先发制人的攻势。在这场六日战争中，以色列击败了所有阿拉伯邻国的军队，并且在空军战场上获得完全的胜利。以色列一口气夺下了整个西岸地区、加沙地带、西奈半岛、和戈兰高地，1949年划定的绿线则变成以色列管辖国内领土和占领区域的行政分界线。后来在签订一则和平协议后，以色列将西奈半岛还给了埃及。
在战争中以色列空军误炸了一艘美军的情报船自由号（USS Liberty），造成34名美军死亡。美国和以色列的调查总结认为这场意外是因为自由号的辨识困难而造成的误击事件。
在1969年，以色列的第一名女性总理梅尔夫人当选。