但是经过近30年的发展，这些开发区在不断的“开疆拓土”后，面积早已超过当初划定的范围，而扩展到几百平方公里的区域——天津开发区300平方公里，广州开发区390平方公里，大连、青岛开发区都是400平方公里。此时，还把开发区作为一种单纯的工作场所，而让员工在开发区与母城之间“钟摆式”奔波，已不合时宜。但是开发区如何由一个主要承担经济职能、尤其是工业职能的地理区域向综合性城市新区转变，面临着诸多挑战：产业结构已被锁死、功能分区已被固化，而开发用地已经告罄，转型的腾挪空间相当有限。
仅以开发区的管理体制而言，随着开发区面积扩大、功能走向多元化，仅仅靠开发区管委会来管理就适应不了——管委会作为一级政府派出机构，没有执法权。西安开发区就曾为此饱尝其苦——由于没有执法权，其在产业调整、征地拆迁等一系列社会管理问题上缺乏相应的管理权力和手段，饱尝访民围堵之苦。
并且，开发区管委会虽然已存在近30年，但至今在国家层面并无法律地位。
其次，多年以来，开发区实际上仅仅扮演了一个土地一级开发商的角色，不断扩大开发面积、“摊大饼”，追求土地效益，而不知道如何进行经济和技术效益的开发。这样，当开发达到一定规模后，就遭遇天花板。尤其是在国务院对土地指标控制日益严格之际。