读《西方科学的起源》所得到的最大启示，是在方法论上。简而言之，就是要历史地看待历史，科学地看待科学史。对科学史家而言的“‘科学’的定义”到底是什么，作者并没有明说；根据我的理解，应该包括相互联系着的两层意思，即科学是个方向，而科学史是个过程。凡是人类在这一方向上的努力，就是科学的；而这些努力作为不断发展进步的序列，就是科学史。所以对于“科学”的定义尽管宽泛，却仍然是科学的。科学是这样的方向，也就不是别的方向，譬如不科学的方向。认准这一方向，就不会把不科学说成科学，或把科学说成不科学。
正因为科学史是个过程，在作者看来，发明固然是贡献，延续未必就没有意义；某些时候，延续的意义甚至更大。譬如中世纪科学家的贡献，正在于使得人类穿越了漫长的中世纪而始终不曾丧失对科学的方向感。《西方科学的起源》对中世纪科学家的功绩予以充分估价，对中世纪的科学成就也没有一笔抹杀。我觉得，有关章节（大约占全书一半篇幅）最令人耳目一新。中世纪一向被认为是人类历史的黑暗年代，然而科学在这一时期不仅得以保持，而且有所发展，——虽然是在神学与科学间奇异的主奴关系之中发展的。然而对历史学家来说，发展终究是发展。
这一切，令人想起了科幻小说《莱博维兹的赞歌》中的类似思想。